导论
东汉末年，战乱频仍，疫病流行，死亡枕藉，《伤寒杂病论》序中说：“余宗族素多，向余二百。建安纪年以来，犹未十稔，其死亡者，三分有二，伤寒十居其七。感往昔之沦丧，伤横夭之莫救，乃勤求古训，博采众方，撰用《素问》《九卷》《八十一难》《阴阳大论》《胎胪药录》，并平脉辨证，为《伤寒杂病论》合十六卷。”
勤求古训即遍览古医经，博采众方即广求古方书，在中医历史上第一次用理论体系来指导方证的合理、灵活运用，开启了中医辨证论治的先河。《金匮要略》即为《伤寒杂病论》之杂病部分经后世收集整理而成的节略本，是我国现存最早的一部论述杂病诊治的专书。
现行本《金匮要略》在其序言中讲述了其之由来：“张仲景为《伤寒卒病论》合十六卷，今世但传《伤寒论》十卷，杂病未见其书，或于诸家方中载其一二矣。翰林学士王洙在馆阁日，于蠹简中得仲景《金匮玉函要略方》三卷：上则辨伤寒，中则论杂病，下则载其方，并疗妇人。乃录而传之士流，才数家耳。尝以对方证对者，施之于人，其效若神。然而或有证而无方，或有方而无证，救疾治病其有未备。国家诏儒臣校正医书，臣奇先校定《伤寒论》，次校定《金匮玉函经》，今又校成此书，仍以逐方次于证候之下，使仓卒之际，便于检用也。又采散在诸家之方，附于逐篇之末，以广其法。以其伤寒文多节略，故断自杂病以下，终于饮食禁忌，凡二十五篇，除重复合二百六十二方，勒成上、中、下三卷，依旧名曰《金匮方论》。”序言中提到，除了编纂原书，还采集各家方书中转载仲景治疗杂病的医方及后世一些医家的良方，分类附在每篇之末，遂题名为《金匮要略方论》。后人将《金匮要略方论》简称为《金匮要略》或《金匮》。
《金匮要略》在内容上以论述杂病为主；在编排体例上，有单病专篇，也有合病合篇的编排方式；在篇名的命名规则上比较多元。有以病因来命名的，如《水气病脉证并治》《痰饮咳嗽病脉证并治》等篇；有以症状命名的，如《呕吐哕下利病脉证治》《奔豚气病脉证治》等篇；有以病机命名的，如《肺痿肺痈咳嗽上气病脉证治》；有以病位加病机命名的，如《血痹虚劳病脉证并治》篇中以血痹来说明病位病性，又如《胸痹心痛短气病脉证治》中以胸痹来说明病位病机；也有以疾病的症状特征来命名的，如《中风历节病脉证并治》等篇；还有以特殊时期病变命名的，如《妇人妊娠病脉证并治》《妇人产后病脉证治》等篇。
《金匮要略》共25篇，在《金匮要略》全书诸篇目的编排次序上，第一篇《脏腑经络先后病脉证》为总论，亦是全书的导读，为辨治杂病的原则性问题做了举例说明。第二篇《痉湿暍病脉证治》至第五篇《中风历节病脉证并治》，主要论述了一些特殊的外感，或可以表现为外感症状的疾病。第六篇《血痹虚劳病脉证并治》是全书承上启下的篇章，即论述外感之后的疾病善后，同时“虚劳”又可以是内伤杂病的发病基础。第七篇《肺痿肺痈咳嗽上气病脉证治》至第十七篇《呕吐哕下利病脉证治》主要论述内科病的证治，第十八篇《疮痈肠痈浸淫病脉证并治》论述外科病的证治，第十九篇《趺蹶手指臂肿转筋阴狐疝蛔虫病脉证治》论述趺蹶等5种不便归类病变的证治。第二十至二十二篇专论妇产科病的证治。最后三篇为杂疗方和食物禁忌。若单以篇名而论，则包括了40多种疾病。
诸病合篇是按照一定规则进行的，或者是相似的症状表现，或者是相似的病因、病机，或者是病变部位相近，以下举例说明。
《痉湿暍病脉证治》将痉病、湿病、暍病合而论述。宋臣林亿等为了突出六经病辨治的一般规律，则将特殊的表现为太阳病的外感性疾病进行单独讨论。
三者在发病症状上都可能有发热、恶寒、身疼痛等一种或几种太阳病的症状表现，但三者又与《伤寒论》六经病中太阳病所论述的疾病不同，是为特殊的外感性疾病或表现为外感症状的疾病。《伤寒论》六经病中太阳病症状描述为风寒束表所致，西医学中上呼吸道病毒感染多见此类症状。痉病则又突出身体痉挛这一症状，如西医学中脑炎、脑膜炎等感染性疾病多见此症。虽然二者感染病原微生物种类不同，但因为触发了机体对此类疾病的共同应答模式，都有太阳病的基本病机，有相类似的症状，即发热、恶寒、身疼痛等，但痉病筋膜系统发生拘挛的症状则更为强烈，此是二者不同之处，由于病位相近，病机类似，故痉病冠以太阳病之名。
另外一方面，在特定的情况下，湿也可以是痉的致病因素。《素问·至真要大论》云：“诸痉项强，皆属于湿。”《素问·生气通天论》曰：“因于湿，首如裹，湿热不攘，大筋软短，小筋弛长，软短为拘，弛长为痿。”经方扶阳法在治疗一些感染性疾病发热、痉挛时，如果患者舌苔厚腻，则要在化湿浊的基础上进行解表、解痉，解表以辛温还是辛凉之法，要看病症的脉证及症状情况，化湿浊则采用平胃散以及达原饮一类的处方。如果有里热积滞，则用承气类方，即条文“痉为病，胸满口噤，卧不着席，脚挛急，必
齿，可与大承气汤”所描述之情况。总之，要分清表里寒热虚实。条文“病者，身热足寒，颈项强急，恶寒，时头热，面赤，目赤，独头动摇，卒口噤，背反张者，痉病也。若发其汗者，寒湿相得，其表益虚，即恶寒甚”，是其告诫。
太阳病，发热，脉沉而细者，名曰痉，为难治。
太阳病，关节痛而烦，脉沉细者，此为湿痹。湿痹之候，小便不利，大便反快，但当利其小便。
脉沉而细，可为少阴寒凝，营血不足，亦可为湿痹，湿邪亦可为痉病之致病因素。
痉病、湿病、暍病或可表现为相似的症状，如发热、恶寒、不汗或汗出、身痛、痉挛等症状，故可集于一篇而进行论述。
《百合狐惑阴阳毒病脉证治》篇将三种明显伴有情志异常的感染性疾病放置一篇进行了论述。《脉经·平阳毒阴毒百合狐惑脉证》中提道：“阳毒为病，身重腰背痛，烦闷不安，狂言，或走，或见鬼，或吐血下痢，其脉浮大数，面赤斑斑如锦文，喉咽痛，唾脓血，五日可治，至七日不可治也。有伤寒一二日便成阳毒。或服药，吐、下后变成阳毒，升麻汤主之。阴毒为病，身重背强，腹中绞痛，咽喉不利，毒气攻心，心下坚强，短气不得息，呕逆，唇青面黑，四肢厥冷，其脉沉细紧数，身如被打，五六日可治，至七日不可治也。或伤寒初病一二日，便结成阴毒。或服药六七日以上至十日，变成阴毒，甘草汤主之。”
百合病与外感风寒不同，外感风寒束表，发汗解表而愈，而百合病发病即有血虚内热之病机，治法与伤寒迥异，治以百合地黄汤为主方，虚热上扰心神则神志异常。狐惑病以黏膜损伤伴神志异常为表现，主方用半夏泻心汤。本方有良好的抗黏膜溃疡作用，比如在痞证，西医学如胃溃疡、胃食管反流病中，都有广泛的应用。阴阳毒以神志异常、发斑等为特殊表现。
仲景观察到百合病、狐惑病、阴阳毒与一般的伤寒症状有所不同，为特殊的感染性疾病，皆伴有明显的神经系统症状，又各有特殊之处，故置三病为一篇进行讨论。
以西医学而言，百合狐惑阴阳毒或可为立克次体病毒感染。立克次体病毒引起的Q热，症状与百合病所描述颇为相似，恙虫感染与狐惑病所描述之症状颇为相似，斑疹伤寒与阴阳毒所描述之症状亦极为相似，三者皆为立克次体病毒感染之疾病。
仲景未能有西医学之知识储备，但仲景早已认识到，此三类感染性疾病与一般伤寒病不同，三者皆有神志异常的表现，又各有其独特的症状表现，故区别于伤寒的治疗而置三病于一篇进行论述。
《疟病脉证并治》主要论述了疟病的辨证论治，是与伤寒不同的特殊感染，西医学中的疟疾是指感染疟原虫所引起的虫媒传染病，热型通常表现为间歇热。然而在古代，疟病是对具有“间歇性发热”这一临床表现的所有疾病的统称，既包括西医学所讲的疟疾，也包括了急性肾盂肾炎、淋巴瘤、布鲁菌感染等以“间歇热”或“波浪热”等热型为临床表现的感染或非感染性疾病。包括疟疾在内的“间歇热”或“波浪热”等热型为临床表现的疾病的治疗可参考本篇。
在《中风历节病脉证并治》中，中风病和历节病都属于广义的风病范畴，二者在临床表现有风邪扰动、流动不居、善行数变等特点，故合为一篇进行论述。
《金匮要略》第二至第四篇论述了有别于伤寒的特殊的外感性疾病或表现为伤寒太阳病症状的一些疾病，《中风历节病脉证并治》对广义的风病，包括中风病、历节病等进行了讨论。以上诸篇在主要论述杂病证治的《金匮要略》中，可独立地看作一个单元，在《金匮要略》的编撰者看来，以上诸病症皆与外感有关，或者可用治疗外感的方法进行治疗，故根据其特点进行了合病分类辨治。
《血痹虚劳病脉证并治》紧接以上诸篇而下承杂病诸篇，血痹可以是虚劳的最终转归，血痹与虚劳的根本病机是相似的，故置于一篇。本篇对外感性疾病的善后根据辨治三阴虚劳而给出了处理办法，另外一方面，虚劳亦是诸多内伤杂病的发病基础，故本篇有承上启下的作用。
第七至十七篇论述内科病的证治，第十八篇论述外科病的证治，第十九篇论述趺蹶等五种不便归类病的证治，第二十至二十二篇专论妇产科病的证治，最后三篇为杂疗方和食物禁忌，这是《金匮要略》编写体例的基本概况。
《金匮要略》被赞誉为方书之祖、医方之经，是治疗杂病的典范。与仲景之前时代不同的是，仲景为法，有论有方，在勤求古训、博采众方的基础上，确立了中医辨证论治的法则。经方经过历代医家的发扬光大，已不局限于治疗仲景所述之疾病，广泛用以治疗各种疾病。在仲景之前，或有论无方，或有方无论，《金匮要略》以病统证，以证统方的思想完成了方与论的有机统一。而其中，仲景开创的辨证论治法则是其核心灵魂，在这一伟大思想光辉的指引下，引导后世医家不断前进。