1.3.1　受体-配体结合的关键点

受体与配体相互作用可以表示为式(1.1)：

[R]＋[L][RL]　　(1.1)

式中，[R]表示受体；[L]表示配体；[RL]表示受体-配体复合物。

由热力学理论可知，结合自由能的变化(ΔGbind)决定了受体与配体的结合强度，受体和配体的结合常数与结合自由能的变化可以用式(1.2)定量表示。

ΔGbind＝－RT ln K＝ΔH－TΔS，　K＝　　(1.2)

式中，R是摩尔气体常数[8.3144J/(K·mol)]；T是热力学温度；K是平衡常数；ΔH是焓变；ΔS是熵变。

现在已经有大量的关于蛋白质-配体复合体三维结构以及结合亲和力的实验数据，这些数据清楚地表明有以下特征存在于蛋白质-配体结合过程中。

(1)蛋白质和配体间空间上高度的互补性。

(2)蛋白质和配体表面性质上高度的互补性，比如静电互补匹配，即正负电荷相对应，相互作用界面包含尽可能多的氢键、盐桥；疏水相互作用互补匹配。

(3)配体一般以低能构象与蛋白质相结合。