虹膜基质囊肿发生于虹膜基质内，多单发，呈灰黑色半透明隆起，囊内为透明液体。虹膜睫状体色素上皮囊肿发生于虹膜后表面双层色素上皮或睫状体色素上皮与无色素上皮之间，可单发或多发。虹膜囊肿或发生于睫状沟的囊肿可导致虹膜膨隆，甚至房角关闭，较大或密集多发的囊肿可继发性闭角型青光眼。

由于内眼手术或眼球穿孔伤后角结膜上皮沿伤口向眼内生长在前房、虹膜表面或虹膜基质内形成的囊样病变称为植入性囊肿。内生上皮常具有分泌功能，因此囊腔内液可有混浊。植入性囊肿多形态不规则，可呈分房状，如粘连至房角导致小梁网阻塞或变性可引起继发性青光眼。