炼金之秘
当传记学家审视牛顿的生平，为他撰写传记的时候，牛顿已经不在人世，因此他们没有必要替他隐瞒宗教倾向。可是，使那些早期传记学家如鲠在喉的，是牛顿图书室中的浩瀚藏书，以及他遗留下来的大量文稿与札记，其中有许多令人难以置信的资料。这些都清楚地显示出，尽管他是历史上最受尊敬的一位科学家、一位创立科学方法的楷模，但他一生花费在炼金术上的精力，远远超过探究纯科学的心力。这些资料也确切证实了，牛顿的一生中都没有几个知己发觉他的秘密，大家不知道他竟然用了那么多时间去研究《圣经》中的年代和预言，寻觅自然界中的魔术。更有甚者，他竟试图探索炼金术的秘密——灵中之灵。
早期为牛顿立传的人觉得迥然相反的两种性格不可能共存于一体，于是，在发现任何会玷污牛顿人格、令他们感到困扰的资料时，他们不得不加以掩饰，将其当作某种特殊怪癖或是一时的神经错乱。布鲁斯特以“不过是笨人与庸人的消遣”来形容人们广泛搜集的牛顿与炼金术有关的文献。
到1936年，牛顿的真实面貌才渐渐显露出来：他是个时常精神紧张、焦虑不安、怪异冲动的人。那一年，有一批关于牛顿的文件在苏富比拍卖行被拍卖，那是之前大约50年，由剑桥大学接受的捐赠，它们被认为是“不具科学价值”的收藏品。彼时，它们被杰出的经济学大师兼研究牛顿的学者凯恩斯在拍卖会中购得（10年之后，凯恩斯在弥留之际，又将其遗赠给剑桥大学国王学院）。
凯恩斯在研读了关于牛顿的这批秘密文件（被那些写圣人传的牛顿立传者忽略的手稿、札记、论文等）之后，于1942年在英国皇家学会发表演说，将历史上最著名和最崇高的科学家，描绘成一个完全不同于以往，并且极受争议的形象。
从18世纪以来，牛顿一向被认为是第一个也是最伟大的近代科学家，是一个理性主义者，他教导我们做出冷静的思考和无偏颇的推理。可是我现在要说，我不如此认为，我不认为任何人在看完那一箱文件之后，还会把他看作那样一位道德高尚的伟人。那一箱文件是牛顿于1696年离开剑桥大学时，特意收拾起来带走的，虽然部分已经散失，但最后还留下一些辗转到我们手上。牛顿并非理性时代的第一人，但他却是最后一个魔术师、最后一个巴比伦人和苏美尔人。他是最后一个伟大的智者，他和那些近1万年前就开始构建我们知识遗产的人一样，用相同的目光在可见、可知的世界中搜索。牛顿生于1642年圣诞节，他是个遗腹子，是使马基人心悦诚服的最后一个神童。
很显然，凯恩斯被他发现的资料迷惑了。不过，对我们大家而言，这是件幸运的事，因为这是个已然可以接受这类发现的时代。凯恩斯的发现引出了关于牛顿的两个问题：第一，如果这位近代力学理论的创建者，曾花费大量时间从事炼金术的试验，那么是否还隐藏着另外一些鲜为人知的东西呢？第二，牛顿研究炼金术的过程，是否已经影响了他在纯科学上的成就？
第一个问题比较容易回答。牛顿难以与人相处是早已闻名的：孩童时期的家庭变故使他在情感上受到了无法弥补的伤害，他在成年后与许多同辈科学家发生争执也是广为人知的事。在众人眼中，他是个极度自负的人。但是，在凯恩斯公开讨论自己的发现之前，传记学家们几乎从来不提这方面的史实。1936年是一个分界点，在那之前，大多数的牛顿传记都是依赖斯蒂克利的见识的，只有少数传记学家勇于质疑旧权威，向更深处挖掘。
用陆续被挖掘出来的材料为牛顿画像，画出来的形象不一定完美，但真实的人生本来便如此，并不都是完美的。况且，这位重新被人挖掘出来的、形象清晰的牛顿，才是真实的牛顿。我们应该骄傲地接受这样的一个人，接受他独特的才华与天分，也接受他怪异的行径与失败。与牛顿同时代的雷恩爵士说过：“我们在解释一个奇迹的时候，不必害怕奇迹失踪。”
眼前的图片渐渐拼凑成形，我们看到的是一个追求知识的天才，他想要了解他所碰到的一切事物：对于生活中迷惑他的每一件事，无论好坏，他都会产生一股冲劲儿去探究出道理来。这种极度的渴求致使他自我伤害、精神崩溃，达到近乎疯狂的状态。如此不分青红皂白地追逐新知，或许是由于他涉猎占星术之类的巫术和迷信。不过，从无边无际、众说纷纭的探讨和摸索里，他也改变了我们生存的这个世界。
凯恩斯文件引出的第二个问题就难以探究了，即牛顿作为炼金术士的修习功夫，对他的科学研究是否有所裨益。这是凯恩斯主观的认定，而这个疑问可能永远也无法被完全解开。